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截至2013年12月，中国海洋大学设有17个院，1个基础教学中心，1个社会科学部，68个本科专业。
| 院系名称 | 本科专业 |
|---|---|
| 中国海洋大学海洋环境学院 | 海洋科学、大气科学、海洋科学类（中外合作办学） |
| 中国海洋大学信息科学与工程学院 | 海洋技术、物理学、光电信息科学与工程、电子信息科学与技术、电子信息工程、通信工程、计算机科学与技术 |
| 中国海洋大学化学化工学院 | 化学（含海洋化学方向）、化学工程与工艺 |
| 中国海洋大学材料科学与工程研究院 | 材料化学、高分子材料与工程 |
| 中国海洋大学海洋生命学院 | 生物科学、生物技术、生态学 |
| 中国海洋大学水产学院 | 水产养殖学、海洋资源与环境、海洋渔业科学与技术 |
| 中国海洋大学食品科学与工程学院 | 食品科学与工程、生物工程、海洋资源开发技术 |
| 中国海洋大学医药学院 | 药学 |
| 中国海洋大学海洋地球科学学院 | 地质学、勘查技术与工程、地球信息科学与技术 |
| 中国海洋大学环境科学与工程学院 | 环境科学、环境工程 |
| 中国海洋大学工程学院 | 港口航道与海岸工程、船舶与海洋工程、土木工程、工程管理、机械设计制造及其自动化、工业设计、自动化、轮机工程 |
| 中国海洋大学数学科学学院 | 数学与应用数学、信息与计算科学 |
| 中国海洋大学外国语学院 | 英语、日语、朝鲜语、法语、德语 |
| 中国海洋大学文学与新闻传播学院 | 汉语言文学、文化产业管理、新闻学、编辑出版学 |
| 中国海洋大学法政学院 | 法学、政治学与行政学、行政管理、公共事业管理，法学类（中外合作办学） |
| 中国海洋大学管理学院 | 会计学、财务管理、工商管理、市场营销、电子商务、旅游管理 |
| 中国海洋大学经济学院 | 金融学、国际经济与贸易、物流管理、经济学（海洋经济方向） |
| 中国海洋大学基础教学中心 | 教育技术学、音乐表演、运动训练 |
| 中国海洋大学社会科学部 | 专门从事思想政治理论课教学和研究，无本科专业 |
截至2013年12月，中国海洋大学有13个博士后流动站，13个博士学位授权一级学科，83个博士学位授权学科，34个硕士学位授权一级学科、196个硕士学位授权学科，13个类别硕士专业学位授权点，是国家首批工程博士专业学位授权点，还具有招收高校教师（15个专业领域）、职业学校教师在职攻读硕士学位资格。学校有2个一级学科国家重点学科，9个二级学科国家重点学科，1个国家重点（培育）学科，20个山东省“十二五”重点学科，1个山东省文化艺术科学 “十二五”重点学科。
博士后流动站：
海洋科学、大气科学、水产、环境科学与工程、食品科学与工程、生物学、水利工程、药学、生态学、计算机科学与技术、工商管理、法学。
博士学位授权一级学科：
应用经济学、法学、大气科学、海洋科学、生物学、生态学、计算机科学与技术、环境科学与工程、食品科学与工程、软件工程、水产、药学、工商管理。
硕士学位授权一级学科：
应用经济学、统计学、法学、政治学、中国语言文学、外国语言文学、中国史、数学、物理学、化学、地理学、海洋科学、地质学、生物学、生态学、机械工程、光学工程、材料科学与工程、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、土木工程、水利工程、化学工程与技术、地质资源与地质工程、环境科学与工程、食品科学与工程、软件工程、管理科学与工程、水产、药学、管理科学与工程、工商管理、公共管理。
一级学科国家重点学科：
海洋科学、水产科学。
二级学科国家重点学科：
物理海洋学、海洋化学、海洋生物学、海洋地质、水产养殖、渔业资源、捕捞学、水产品加工及贮藏工程、环境科学。
国家重点（培育）学科：
港口、海岸及近海工程。
山东省“十二五”重点学科：
环境与资源保护法学、外国语言学及应用语言学、地图学与地理信息系统、气象学、海洋物理学（海洋信息探测与处理）、水生生物学（特色重点）、遗传学、计算机应用技术、应用化学、地球探测与信息技术、环境工程（特色重点）、药物化学（特色重点）、会计学（特色重点）、船舶与海洋工程（特色重点）、计算数学、区域经济学、中国现当代文学、社会学、金融学、防灾减灾工程及防护工程。
山东省文化艺术科学 “十二五”重点学科：
海洋与生态文化。
截至2013年12月，中国海洋大学有国家级特色专业12个、国家级精品课程11门、国家级实验教学示范中心4个、国家级人才培养模式创新实验区2个，还拥有2个国家基础科学研究和教学人才培养基地，1个国家生命科学与技术人才培养基地。
国家级特色专业：
口航道与海岸工程、会计学、水产养殖、海洋技术、生物科学类、港口航道与海岸工程、海洋科学、药学、法学、食品科学、工程、化学。
国家级精品课程：
海洋化学、大学法语、食品保藏原理与技术、食品化学、环境海洋学、卫星海洋学、物理海洋学、贝类增养殖学、水产动物营养与饲料学、海洋调查方法、海洋学。
国家级实验教学示范中心：
海洋生命科学实验教学中心、海洋学实验教学中心、水产科学实验教学中心、环境科学与工程实验教学中心。
国家级人才培养模式创新实验区：
海洋生命科学与技术跨学科人才培养实验区、水产养殖学专业创业型人才培养模式创新实验区。
国家基础科学研究和教学人才培养基地：
海洋学、海洋化学。
国家生命科学与技术人才培养基地：
中国海洋大学“国家海洋生命科学与技术人才培养基地”。
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